Um in Custom Navigation Menues bei einem Theme zu verwenden, müssen die Menüs registriert und anschließend eingebunden werden.

zunächst muss man die gewünschten Menüs in der function.php registrieren. (Gleiches gilt auch für die Optionen custom background, header image, post thumbnails)

register_nav_menus( array(
'primary' => 'Main Navigation',
'header' => 'Header Navigation',
'footer' => 'Footer Navigation'
) );

Hierdurch wird der Themesupport für diese Funktionalität automatisch aktiviert, so dass der separate Schritt  ( add_theme_support(‘menus’); ) entfällt.

Anschließend stehen die registrierten Menüs im Backend zur Verfügung. Man kann diesen nun beliebige Menüs zuweisen.

Um die Menüs im Theme zu verwenden, muss man diese in den entsprechenden Stellen im Template aufrufen.

   wp_nav_menu( array('menu'=> 'header-menu' , 'menu_id' => 'menu-header-menu'));

Details zu den Parametern gibt es bei wordpress.org.